직무발명보상제도, 명확하게 설계하는 법

2026-08-14



기업의 지속 가능한 성장과 혁신적인 기술 경쟁력 확보를 가르는 핵심 축은 바로 직무발명보상제도다. 직무발명보상제도란 종업원 등이 직무 과정에서 개발한 발명을 회사가 승계하는 대신 발명자에게 정당한 보상을 제공하는 법적 프로세스다. 보상 형태는 대개 금전적 보상으로 이루어지지만 기업의 실정과 직원의 요구에 따라 안식년, 유학 및 해외연수, 희망 직무 선택권 등 다양한 비금전적 형태로도 유연하게 설계할 수 있다.

최근 국세청과 국회예산정책처의 통계를 살펴보면 비과세 혜택을 포함해 사내에서 직무발명보상금을 수령해 신고한 근로자가 약 5만 8,000명에 육박할 정도로 제도의 저변이 확대되고 있다. 보상 시스템의 전반적인 규모가 이처럼 커지고 있는 반면, 중소기업의 도입률은 여전히 저조한 편이다. 특허청의 지식재산활동조사에 따르면 국내 중소기업의 제도 도입률은 37.4%에 머물러 대기업(78.5%)이나 중견기업(63.1%)에 비해 현저히 낮다.

국내 전체 기업 도입률 또한 약 43% 수준으로, 유럽(86%)이나 일본(81%) 등 주요 선진국과 비교하면 여전히 큰 격차를 보이고 있다. 많은 중소기업이 도입을 망설이는 이유는 강력한 정책적 세제 혜택과 인센티브를 명확히 인지하지 못했거나 복잡한 리스크를 우려하기 때문이다. 제도를 도입하면 조세특례제한법에 의거해 연구 및 인력개발비 목적으로 사용한 보상금 비용의 25%를 법인세에서 세액공제 받을 수 있고 손금산입을 통한 비용 처리가 가능하다.

아울러 최근 2년 이내에 보상금을 지급한 사실이 있는 기업은 각종 국가지원 사업이나 특허청 지원 마일리지 등에서 가점과 인센티브를 제공받는다. 제도적으로는 우수 인력을 유인 및 유지하고 사내 R&D 생태계를 활성화하는 선순환 구조를 구축할 수 있다.

하지만 제도의 긍정적인 면 이면에는 분쟁 리스크라는 실질적인 위험이 공존한다. 퇴사자나 재직자가 회사를 상대로 정당한 보상을 받지 못했다며 제기하는 보상금 청구 소송이 최근 급증하고 있다. 직원의 청구 액수는 수억 원에서 수백억 원에 달하는 반면 법원에서 실제 인용되는 금액은 수백만 원에서 수천만 원 수준에 그치는 경우가 많아 양측 모두 상당한 소모전을 치르게 된다. 따라서 기업은 보상금을 지급하기에 앞서 보상액의 산정 근거를 투명하게 설명하고 이해를 구해야 한다.


사내 규정의 적용 범위, 회사가 얻을 이익과 투자 위험, 직원의 처우 및 공헌도, 내·외부 선례 등 객관적인 자료를 공유하는 과정이 필수적이다. 직원 역시 기술적 가치가 높다고 해서 그것이 반드시 막대한 상업적 이익이나 정당 보상 액수로 직결되지는 않는다는 점을 인지할 필요가 있다. 특히 실무자와 경영진이 주목해야 할 점은 최근 전격 개정되어 시행 중인 강력한 법적 변화다.

첫째로 발명자의 연구 의욕을 고취하기 위해 소득세법상 직무발명보상금의 비과세 한도가 기존 연 500만 원에서 연 700만 원 이하로 대폭 상향되었다.

둘째로 기업의 특허권 관리와 종업원의 보상 현실을 모두 개선한 발명진흥법 개정안이 시행되면서 대대적인 혁신이 일어났다. 기존에는 직원이 발명을 한 뒤 회사가 매번 승계하겠다는 통지를 명확히 서면으로 전달해야만 권리가 회사로 넘어왔기 때문에 그사이 발명이 제3자에게 이중양도 되거나 권리 관계가 붕괴되는 리스크가 컸다.

하지만 개정 법안에 따라 사내에 근무규정이나 계약으로 직무발명 승계를 미리 정해 두었다면 발명이 완성되는 즉시 그 권리가 회사로 자동 승계된다. 회사는 승계하지 않겠다는 불승계 통지를 예외적으로 할 때만 절차를 밟으면 되므로 기업 경영의 안정성이 획기적으로 제고되었다. 동시에 소송 과정에서의 증거 확보 조항도 강력해졌다. 기존에는 소송이 발생해도 기업들이 영업비밀이라는 이유로 보상금 산정의 기준이 되는 매출이나 이익 자료를 제출하지 않아 종업원이 정당한 보상금을 입증하기 어려웠다.

그러나 개정 법안은 직무발명 보상금 소송에서 법원이 기업에 자료제출명령을 내릴 수 있도록 조치했으며 영업비밀이라 하더라도 보상액 산정에 필요하다면 제출을 거부할 수 없도록 강제성을 부여했다. 대신 해당 자료가 외부로 유출되는 것을 막기 위한 비밀유지명령 제도도 함께 도입해 사용자의 보안 리스크를 동시에 방어하도록 균형을 맞췄다.


이처럼 법안이 정교해지고 혜택이 늘어난 만큼 제도 도입의 핵심은 결국 명확하고 안전한 규정 수립에 있다. 사내 위원회를 구성하고 특허 전담 부서, 직원 대표, 경영진이 모여 구체적인 보상 기준을 협의한 뒤 전사적으로 공표하면 도입 자체는 간단히 완료된다. 우수기업 인증을 신청하면 전담 기관의 심의를 거쳐 특허청 인증서가 발급되기까지 약 두 달의 시간이 소요된다.

현재 특허청과 한국발명진흥회는 특허 수수료 부담을 완화하고 직무발명보상 우수기업이나 지식재산경영 인증기업으로 선정 시 추가 감면 혜택을 주는 등 전방위적 지원을 펼치고 있다. 다만 자동 승계 규정의 미비나 자료제출명령 대응 등 사소한 규정의 허점이 훗날 뼈아픈 법적 분쟁으로 이어질 수 있으므로 초기 기획 단계부터 지식재산권 전문가의 조력을 받아 자사에 최적화된 명확한 규정을 정립하는 것이 가장 안전한 전략이다.

스타리치 어드바이져는 기업이 밤하늘의 별처럼 지속적으로 빛날 수 있도록 백년기업을 향한 영속성을 함께 디자인하는 성장 파트너다. 전문적인 시스템과 체계적인 관리를 바탕으로 전국의 컨설턴트와 전문가 그룹이 각 기업의 상황과 특성에 맞는 솔루션을 제시한다.

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김종환 기업컨설팅 전문가

  • 現) 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
  • 前) 전자신문 기업성장지원센터 전문위원
  • 前) 삼성생명 법인사업부

김희진 기업컨설팅 전문가

  • 現) 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
  • 現) NPTI 연구원 재무심리진단 컨설턴트
  • 前) 전자신문 기업성장지원센터 전문위원
  • 前) 에프인 인터내셔날 대표
  • 前) snbd 홀딩스 전략기획실장
  • 前) 한국여성유권자서울연맹 서초지부 회장
  • 前) 서초경찰서 청소년발전위원회 위원