최근 의료계에서는 병원에 대한 세무조사 빈도와 강도가 높아지고 있다는 소식이 돌고 있다. 갑작스럽게 공무원이 방문하거나 소명 통지서가 날아온 경우, 이미 세무조사가 시작된 것으로 볼 수 있다. 탈세 정황이 포착되면 국세 부과 제척기간이 10년까지 늘어날 수 있다.
병의원 세무조사는 주기에 따라 정기 세무조사와 수시 세무조사로 나뉜다. 정기 세무조사는 특정 과세 기간 동안 세무조사를 받지 않았을 때 무작위로 추출되어 표본조사 대상에 포함될 경우 진행하는 세무조사이다. 대부분의 세무조사는 이 범주에 해당하며, 일반적인 주기는 5년이다. 이는 신고 내용이 올바른지, 신고 내역 대비 증빙 수취가 적정한지 등을 검증하는 것이 목적이다.
수시 세무조사는 국세기본법상 부정행위 등 사유에 해당하는 경우에 수시로 진행된다. 정기 신고 누락, 무자료 및 가공 증빙 수취, 탈세 제보, 신고 내용 탈루 및 오류 등에 대한 명백한 증거가 있는 경우, 조사관에게 금품 등을 제공하거나 알선한 경우가 이에 해당한다.
국세청에서 보도한 수입 금액 불성실 신고 유형은 다음과 같다. 비보험 진료에 대해 현금 결제를 유도하고 현금영수증을 교부하지 않는 수법으로 수입금액 탈루, 미용 목적의 비보험 진료분을 치료 목적의 보험 진료로 위장하여 비보험 진료분과의 차액을 신고 누락, 실제는 미용 목적의 의료보건 용역을 제공하는 부가가치세 과세사업자이나 면세사업자로 위장하여 부가가치세 등 제세 탈루, 수입금액 노출을 피하기 위해 진료기록부와 처방전을 별도로 관리하는 수법으로 수입 금액 탈루, 실제는 공동사업 형식이나 단독사업자로 등록 후 평균 1~2년 주기로 개업과 폐업을 반복하여 사업자를 바꾸는 수법으로 수입금액 분산, 임플란트 등 고액 치료비는 예약 대장을 별도로 비치 관리하며 현금 수입금액을 누락하는 수법으로 수입금액 탈루, 현금으로 결제 시 신용카드로 결제할 때보다 금액을 할인해주고 서비스를 제공하는 명목으로 환자들을 현혹해 신용카드 결제를 의도적으로 회피하는 수법으로 수입금액 탈루, 수입금액 노출을 피하기 위해 진료기록부와 처방전을 별도로 관리하는 수법으로 수입 금액 탈루 등이다.
이처럼 수입금액을 제대로 신고하지 않으면 언제든지 세무조사 대상이 될 수 있다. 이에 병의원은 매출 관리 외에도 비용 처리를 꼼꼼히 해야 한다.
거래 금액 10만 원 이상의 의료 용역을 공급한 경우에는 환자의 요청이 없더라도 현금영수증을 발급해야 한다. 이때 유의해야 할 점은 환자가 수납하는 금액이 10만 원일 때가 아니라 전체 진료비를 기준으로 해야 한다는 점이다. 환자가 현금영수증 발급을 거부하면 5일 이내에 국세청을 통해 현금영수증을 발급해야 한다. 그렇지 않으면 미발행 금액에 대해 약 20%의 가산세가 부과된다.
또한 병의원의 매출 적격 증빙 자료를 정확하게 관리해야 한다. 카드 사용 매출 전표와 현금영수증, 세금계산서 등 적격 증빙을 위한 자료들을 정리해야 한다. 이 과정에서 경비가 이중으로 신고된 것은 아닌지, 세금 신고에 오류는 없었는지, 발행해야 할 세금계산서를 제대로 발행했는지를 체크해야 한다.
사업용 계좌 관리도 중요하다. 사업용 계좌는 사업상 거래를 위한 금융 업무를 개인 거래와 분리해 세원 투명성을 높이고 사업자의 합리적인 경영 의사 결정을 돕는 취지로 고안됐다. 병의원은 복식부기 의무자에 해당하기 때문에 사업용 계좌를 개설해야 할 의무가 있으며, 관할 세무서장에게 사업용 계좌를 신고해야 한다. 또한 인건비, 임차료, 거래대금 등이 사업용 계좌를 통해 거래되어야 가산세가 부과되지 않는다. 사업용 계좌에는 일주일 단위로 현금영수증 발급 매출액과 현금수납 매출액을 입금하는 것이 좋다.
특히 매출액 5억 원 이상의 병의원은 성실신고 확인 대상자에 포함되므로 장부 관리에 신경 써야 한다. 진단서에 발급되는 수수료부터 영양제 판매액, 의료기기 구입 및 대여 비용, 인건비 등 병원에서 발생하는 모든 지출을 기록해야 한다.
이외에도 급여 중 비과세 항목, 비보험, 산재보험, 자동차보험 등의 월별 수입, 계산서 발생 수입, 보험의 본인 부담금 중복 확인, 신용카드 및 현금영수증 매출의 단말기 자료와 신고 금액의 확인, 진료비 삭감액, 비보험의 현금, 특별상여, 휴가비, 명절 보너스 등의 인건비, 원장 명의 카드와 통장의 업무 관련 지출, 복리후생비, 접대비 파악, 건물관리비 및 임차료, 공과금, 자동차세 및 자동차 보험료, 대출금 및 이자 비용 등을 꼼꼼하게 관리한다면 세무조사로 인한 불이익을 최소화할 수 있을 것이다.