중소기업 연구소 설립 증가, 기술 혁신과 성장 전략 핵심 세제 혜택과 인력 지원 제공, 초기 비용 부담 완화

 

기술 혁신이 기업 생존의 핵심 요소로 자리 잡은 현 시장 환경에서, 국내 중소기업의 기업부설연구소 설립은 눈에 띄게 증가하고 있다. 2024년까지 연구개발 전담 부서와 기업부설연구소는 각각 3만 개, 4만 개를 넘어서며 우리 경제의 혁신 생태계를 튼튼히 받치고 있다. 이는 중소기업들이 단순한 생존을 넘어 지속 가능한 성장을 위한 전략적 선택을 하고 있음을 시사한다.

최근 과학기술정보통신부가 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 하위 법령 제정안을 입법 예고하면서, 관련 제도가 더 체계화되고 기업 현장의 수요를 반영하여 유연해지는 변화를 맞고 있다. 기업부설연구소 제도는 종전의 기초연구 진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에서 독립 법률로 분리·제정되어 인정 기준, 관리 절차, 지원 체계를 명확히 규정하고 있다. 이번 시행령 및 시행규칙 제정안은 기업 현장의 수요를 반영해 제도 운용의 예측 가능성과 효율성을 높이는 데 중점을 두었다.

구체적으로는 연구시설 요건을 별도 조문으로 분리해 연구 공간, 연구 기자재 등의 기준을 명확히 하고, 연구 공간 독립성 요건을 유연화하여 고정 벽체 설치가 어려운 경우 이동 벽체로도 인정하며 부소재지 설치도 허용했다. 또한 국가연구개발사업에 참여 중인 석사과정자도 연구 전담 요원으로 인정하여 현장의 우수 연구 인력을 더욱 폭넓게 활용할 수 있도록 했다. 이러한 규제 완화는 중소기업이 연구개발 조직 운영의 유연성을 높이고 기술 혁신의 속도를 가속화할 수 있는 발판을 마련해 준다.

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기업부설연구소의 가장 강력한 매력은 다양한 정부 지원과 세제 혜택이다. 연구개발 비용에 대한 법인세(혹은 소득세) 공제, 연구소용 부동산에 대한 취득세 및 재산세 감면, 수입 물품 관세 감면 등 세제 혜택은 중소기업의 연구개발 비용 부담을 획기적으로 낮춰준다. 특히 우수 인력 확보에 취약한 중소기업의 특성을 고려하여, 연구 인력의 병역특례를 제공하고 미취업 청년 고용 시 최대 1년간 인건비의 50%를 지원하는 인력 지원 정책은 중소기업이 기술 개발 역량을 강화하는 데 든든한 기반이 된다.

나아가 국가 연구개발 사업 참여 기회 확대, 기술신용보증 특례, 우수 연구소 지정 시 포상 및 홍보 지원 등 다양한 혜택은 중소기업의 성장을 가속화하는 핵심 동력이 된다. 생명공학 연구업체 K사의 사례처럼, 연구소 설립 후 인건비와 관세 감면을 통해 초기 비용을 절감하고 국책과제 수주로 안정적인 자금까지 확보하여 신약 개발 분야에서 성공적인 성과를 이룰 수 있는 것이다.

다만, 이러한 파격적인 혜택의 이면에는 철저하고 까다로운 사후 관리 의무가 따른다는 점을 간과해서는 안 된다. 기업부설연구소는 복잡한 설립 요건만큼이나 운영 관리가 까다롭다. 연구원 이직, 대표자나 상호 변경, 업종 변화, 연구 공간 변경 등 주요 변동 상황 발생 시 14일 이내에 한국산업기술진흥협회에 반드시 신고해야 한다. 이를 소홀히 할 경우, 직권 취소와 함께 그동안 받았던 세액공제 혜택을 모두 반환해야 하는 세액공제 추징이라는 큰 타격을 입을 수 있다. 또한 매년 4월 연구개발 활동 조사표 제출 의무, 허위 신고 시 1년간 신규 설립 제한 등 엄격한 관리 감독 절차와 과태료 부과 기준이 명시되어 있다.

따라서 중소기업은 기업부설연구소 설립을 단순히 정부 지원금을 받기 위한 단기적 목적이 아닌, 기업의 장기적 성장 전략의 일환으로 접근해야 한다. 기술 혁신을 통해 글로벌 시장에서 경쟁력을 갖추고 기업의 기술력을 선진국 수준으로 끌어올리겠다는 명확한 목표를 가져야 한다.

규제 완화로 문턱이 낮아진 지금, 기업부설연구소 설립을 계획하는 중소기업은 전문가의 도움을 받아 기업 상황과 제도, 재무 구조 등을 종합적으로 분석하고, 설립부터 사후관리까지의 전 과정에 걸쳐 리스크를 최소화하는 체계적인 전략을 세워야 할 것이다. 까다로운 관리 요건을 부담으로만 볼 것이 아니라, 기업 내부에 체계적인 연구개발 문화를 정착시킬 기회로 삼는 전략적 마인드가 절실한 시점이다.

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