중소기업 직무발명보상제도, 폭발적 성장의 진실

2025-10-28



국세청 통계가 보여주는 직무발명보상제도의 성장세는 실로 놀랍다. 2017년 2만 7,491명이 197억 원의 비과세 혜택을 받았던 것이 2020년에는 4만 6,518명, 461억 원으로 급증했다. 특히 주목할 점은 30인 이하 중소기업의 활용도가 폭발적으로 늘어났다는 사실이다. 해당 기간 중소기업의 비과세 혜택 수혜자는 2,982명에서 9,617명으로 3.2배, 금액은 35억 원에서 134억 원으로 3.8배나 증가했다. 이는 대기업의 증가율을 훨씬 웃도는 수치로, 중소기업들이 이 제도의 가치를 제대로 인식하기 시작했음을 보여준다.

이런 급성장에는 분명한 이유가 있다. 직무발명보상제도는 단순한 인센티브를 넘어 중소기업의 기술 경쟁력과 재무 건전성을 동시에 강화할 수 있는 전략적 도구이기 때문이다. 임직원이 업무 관련 발명을 통해 특허권을 기업에 승계하면 발명자는 정당한 보상을 받고, 기업은 핵심 기술을 확보하는 동시에 상당한 세제 혜택을 누릴 수 있다. 더불어 축적된 산업재산권을 활용해 복잡한 회계 문제까지 해결할 수 있어 일거다득의 효과를 거둘 수 있다.

제도의 매력은 다층적이다. 우선 보상금 지급 기업은 연구개발비 명목으로 25%의 세액공제를 받을 수 있고, 해당 비용을 손금 처리할 수 있어 실질적인 세 부담이 크게 줄어든다. 발명자도 연간 700만 원 한도 내에서 비과세 혜택을 받는다. 1인당 평균 비과세 금액이 2017년 71만 원에서 2020년 99만 원으로 38% 증가한 것은 기업들이 보상 수준을 지속적으로 높여 왔음을 의미한다.

더욱 흥미로운 것은 산업재산권의 자본화 활용이다. 직무발명을 통해 확보한 특허권, 실용신안권, 디자인권 등을 기업의 핵심 자산으로 인식하고 이를 가치평가를 거쳐 현물출자 형태로 유상증자에 활용하면 가지급금이나 미처분이익잉여금 같은 복잡한 회계 현안까지 일괄 해결할 수 있다. 실제로 바이오 소재 개발업체인 V사는 핵심 연구진이 개발한 신소재 관련 특허 5건을 15억 원으로 평가해 현물출자로 처리했다. 이를 통해 누적된 8억 원의 가지급금을 해소하고 동시에 자본금도 증가시켜 재무구조를 획기적으로 개선했다.

제도 활용의 성공 사례는 계속 늘어나고 있다. 헬스케어 장비 제조업체인 T사는 직무발명 보상 우수기업 인증을 2회 연속 받으며 모범 사례로 주목받고 있다. 이 회사는 특허 출원부터 등록까지 단계별로 체계적인 보상 체계를 마련하고 있다. 아이디어 제출 시 10만 원, 특허 출원 시 50만 원, 등록 시 100만 원, 실제 사업화 성공 시에는 매출액의 일정 비율을 추가 지급하는 방식이다. 결과적으로 직원들의 발명 의욕이 크게 높아졌고 연간 특허 출원 건수도 3배 이상 증가했다.

우수기업 인증의 부가 혜택도 무시할 수 없다. 인증 기업은 2년간 정부 지원사업 참여시 가산점을 받고, 특허 출원 시 우선심사와 등록료 감면 혜택을 누릴 수 있다. 중소기업에는 정부 지원사업 참여 기회 확대와 특허 관련 비용 절감이 상당한 경영상 도움이 된다.

하지만 제도 도입에는 신중한 접근이 필요하다. 성공적인 운영을 위해서는 명확한 규정 마련이 선행되어야 한다. 대표와 특허 전담 부서, 직원 대표가 참여하는 협의체를 구성해 보상 기준과 지급 방법을 구체적으로 정해야 한다. 특히 발명의 기술적 가치와 상업적 전망, 회사 기여도 등을 객관적으로 평가할 수 있는 기준 마련이 핵심이다.

사내 직무발명보상제도 위원회의 구성도 중요하다. 공정하고 투명한 심의를 위해서는 내부 인력뿐만 아니라 외부 전문가의 참여도 고려해야 한다. 소프트웨어 개발업체인 G사는 사내 위원회에 대학교수와 변리사를 포함해 기술 평가의 객관성을 높이고 있다. 발명자가 보상 결정에 이의를 제기할 경우를 대비한 재심 절차도 마련해 분쟁 가능성을 최소화했다.

무엇보다 직원들에게 제도의 취지와 절차를 충분히 알리는 것이 중요하다. 규정을 사내에 공표하고 교육을 통해 발명 활동을 적극 장려하는 분위기를 조성해야 한다. 단순히 특허 출원 건수를 늘리는 것이 아니라 실질적인 사업 성과로 연결될 수 있는 창의적 아이디어를 발굴하는 것이 목표여야 한다.

 

다만 제도 운용 과정에서 발생할 수 있는 각종 법적, 세무적 이슈에 대비해야 한다. 보상금 산정 기준의 적절성, 세법상 요건 충족 여부, 지식재산권 관련 분쟁 가능성 등을 종합적으로 검토해야 하므로 전문가의 도움을 받는 것이 바람직하다.

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이서현 기업컨설팅 전문가

  • 現) 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
  • 現) 전자신문 기업성장지원센터 전문위원
  • 前) 조세일보 기업지원센터 전문위원
  • 특허자본화 실무 컨설턴트
  • 개인기업 법인전환, 특수법인 설립 전문
  • 기업 합병, 분할, 기업승계 전문

강흥대 기업컨설팅 전문가

  • 現) 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
  • 現) 전자신문 기업성장지원센터 전문위원
  • 前) 대우전자 연구소
  • 前) 미래에셋생명 지점장
  • 서울공대 기계설계학과 학사,석사