연구개발(R&D) 세액공제, 이렇게 활용하자!

‘연구 및 인력개발비 세액공제’는 연구 및 인력개발을 위해 사용한 비용이 있는 경우에 일정금액을 법인세 또는 소득세에서 공제해 주는 조세특례제한법상의 제도로서, 신 성장동력연구·인력개발비, 원천기술연구·인력개발비, 일반연구·인력개발비로 구분하여 업종에 대한 제한 없이 모든 내국인이 지원 대상이다.

통상 ‘연구개발’은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하되 자체연구개발과 위탁 및 공동연구개발을 포함하며, ‘인력개발’은 고용하고 있는 임원 또는 종업원을 자체 또는 위탁 교육 및 훈련시키는 활동으로 정의된다. 다만 순수 연구 활동인지, 아니면 상업화를 위한 연구 활동인지에 대해서는 별도의 제한 및 차등을 두고 있지 않다.

국세청은 매년 법인세 신고내용 중 세금탈루가 빈번하다고 판단되는 분야를 ‘사후검증’ 대상으로 사전예고 하고, 신고를 완료하는 4월 이후 지방 국세청과 세무서에서 사전예고 항목에 대한 엄정한 검증을 실시한다. 올해는 특히 법인카드의 사적사용 등 기업자금 외부유출과 정규증빙 미수취 등 가공경비 계상, 연구 및 인력개발비 세액공제 등 부당한 공제·감면, 자본거래를 통한 탈세 등을 4대 중점 검증분야로 선정하여, 사후검증 결과 범칙행위가 확인되면 세무조사 대상으로 선정하고 과소 납부한 세금 및 최고 40%의 부당과소신고가산세를 추징하기로 하였다.

이 중 부당한 연구 및 인력개발비 세액공제·감면은 기업이 연구개발 관련 투자를 하지 않거나 신기술 등 연구개발 결과물 또는 효과가 미약함에도 불구하고 허위로 신청하여 조세감면 혜택을 받는 것으로 감면제도의 취지를 몰각하고 단순한 조세회피 수단으로 악용하는 사례이다. 이에 과세관청에서는 R&D비용 관련 증빙서류를 제출 및 보관(5년)하도록 하고 있으며, 감면기업에 대한 정기적인 현장실사 및 전산분석 등을 통해 사전, 사후적으로 철저하게 검증하고 있다.

기업부설연구소 등을 두고 있는 중소기업들이 일반적으로 신청하는 일반연구·인력개발비에 대한 세액공제는 ‘당해 연도 발생비용의 25%’ 또는 ‘직전 2년간의 평균발생비용 보다 초과 지출한 비용의 50%’ 중 큰 금액으로 공제 적용가능하다. 이 외 신 성장동력연구·인력개발비 및 원천기술연구·인력개발비의 경우에는 당해 연도 발생비용의 최대 30%까지 법인세 또는 소득세에서 공제받을 수 있다.

특히 조세특례 간 중복적용이 배제되는 다른 공제·감면제도들과 달리 연구 및 인력개발비 세액공제는 다른 세액공제 및 세액감면과 중복공제가 되며, 수도권 안에서 창업한 경우에도 공제 가능하고 농어촌특별세(감면세액의 20%)도 비과세된다. 또한 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 미공제세액은 향후 5년간 이월하여 공제 가능하므로 그 지원 혜택이 크다고 할 수 있다.

이에 세액공제를 적용받기 위해서는 우선적으로 인적요건 및 물적 요건을 갖추어 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 설립신고 후 한국산업기술진흥협회로 부터 인정받아야 하며, 직원현황표 및 업무분담표에 신고한 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 연구소 및 전담부서 내에 상주하여 근무하면서 연구개발 관련 업무만을 전담하여야 한다.

연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비는 조세특례제한법 시행령 별표에서 열거규정하고 있는 비용으로서 전담부서 등에서 근무하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비를 말하며, 연구원의 직위 등을 기준으로 구분하는 것이 아니므로 특단의 사정(주주인 임원 등)이 없는 한 실제 연구업무에 종사하고 있거나 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 해당한다면 이들의 인건비도 세액공제 대상에 포함된다.

다만 퇴직금 및 퇴직연금, 퇴직급여충당부채의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 후불임금 성격의 비용은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 것으로 판단되어, 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함되지 않는다.

또한 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함), 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설의 임차 또는 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용 등은 세액공제 대상 연구개발비에 포함된다. 다만 연구·시험용 시설의 구입비용은 사업용 고정자산으로 보아 감가상각 처리하여야 하므로 세액공제 대상은 아니다.

특히 고유상표(공동상표 포함)의 개발 관련 디자인 위탁개발용역비, 자체고용 디자이너의 인건비, 도서의 디자인 개발비용, 직무발명보상금 등은 세액공제 되는 것이나, 사무용품비 등 소모품비, 여비교통비, 복리후생비 및 건물임차료, 도서인쇄비, 지급수수료, 수선비, 통신비 등은 모두 연구개발과 직접적인 관련이 있는 지출이라 하더라도 열거된 공제대상 연구개발비에 포함되지 않으므로 세액공제 계산 시 제외하여야 한다.

연구개발비는 재무상태표 상 자산계정으로 계상되었는지 손익계산서상 비용계정으로 계상되었는지 여부와 상관없이 공제 가능하나, 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 자산과 부채 및 수익과 비용을 기업의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장 하여야 한다.

이에 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 세액공제신청서, 연구 및 인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하며, 과세관청의 사후검증 및 소명안내에 대처하는 동시에 한국산업기술진흥협회의 사후관리를 위한 연구개발인력, 연구개발비 내역, 연구개발활동 실적, 연구개발과제수행 현황 등의 관련 자료를 평소에 구비하도록 노력하여야 한다.

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이승욱 스타리치 어드바이져 자문 세무사